Внутрішній аудит проводиться згідно із стратегічним та операційним  планами діяльності з внутрішнього аудиту.

Стратегічний план враховує стратегію НАДС та визначає завдання і результати, що мають бути досягнуті протягом наступних трьох років: див. тут.

Операційний план складено на календарний рік з урахуванням завдань та результатів виконання стратегічного плану: див. тут.