Діяльність  НАДС в частині внутрішнього аудиту спрямована на надання оцінки  щодо:

• законності та достовірності фінансової і бюджетної звітності, правильності ведення бухгалтерського обліку;
• дотримання актів законодавства, планів, процедур, контрактів з питань стану збереження активів, інформації та управління державним майном;
• ефективності функціонування системи внутрішнього контролю, ступеня виконання і досягнення цілей, визначених у стратегічних та річних планах, ефективності планування і виконання бюджетних програм та результатів їх виконання, якості виконання контрольно-наглядових функцій, завдань, визначених актами законодавства, а також ризиків, які негативно впливають на виконання функцій і завдань установи.